Alijev, mir neka je na nj, hilafet i njegova vlast orijentirana na pravdu, poštenje i oživljavanje izvornih islamskih tradicija, teško je pala odredženim skupinama i takvi su formirali front protiv njegove vlasti. Ta suprotstavljenost naposljetku je izrodila i trojake sukobe – one sa nakisinima, kasitinima i marikinima, a u nastavku ćemo kazati ponešto o svakom od tih sukoba:
Sukob sa nakisinima
Sukob sa nakisinima (kršiteljima sporazuma) desio se tako što su Talha i Zubejr, koji su dali prisegu Aliju, zatražili da preuzmu zapovjedništvo nad Basrom i Kufom, no Imam se s tim nije složio. Oni su naposljetku tajno napustili Medinu i otišli u Mekku, gdje su, uz pomoć Emevija i sredstvima iz bejtul-mala, formirali vojsku i onda se zaputili u Basru te preuzeli vlast ondje. Ali, mir neka je na nj, onda je napustio Medinu kako bi se obračunao s njima, te se u blizini Basre odigrala žestoka bitka koja je završila Alijevom pobjedom i porazom nakisina. Riječ je o Bici oko deve, o kojoj bi se moglo zasebno opšitno govoriti. Ova bitka desila se 36. godine po Hidžri.
Sukob sa kasitinima
Još prije Alijevog, mir neka je na nj, preuzimanja hilafeta, Muavija je pripravio sebi sve preduvjete za uspostavu vlastitog halifata u Šamu. Kad je Imam preuzeo hilafet, poslao je Muaviji ukaz kojim ga opoziva s mjesta namjesnika u Šamu, budući da se nikad nije slagao s tim da Muaviji bude povjeren ovaj položaj. Taj spor rezultirao je sukobom vojski iz Iraka i Šama na Sifinu, gdje je Alijeva, mir neka je na nj, vojska bila blizu pobjedi, ali je Muavija, osobitim lukavstvima i smicalicama, uspio medžu Alijevom vojskom izazvati razdor i pobunu. Naposljetku, pred velikim navaljivanjem svojih drugova, Imam se morao složiti s idejom da Ebu Musa A'šari i Amr 'As budu suci koji će odlučiti o tome šta je najbolje po prosperitet islama i muslimana. Pritisci na Zapovjednika vjernika da prihvati njihovu presudu bili su tako žestoki da bi se, u slučaju da ne prihvati presudu, i njegov život našao u opasnosti, a njegovom smrću muslimani bi se suočili s ogromnom krizom. Kad je došlo vrijeme da presuditelji iznesu svoje mišljenje, Amr 'As prevario je Ebu Musu, i time je kvarni Muavijin plan svima postao očit. Nakon ovog slučaja sa presudživanjem, jedan dio muslimana koji su dotad bili na Alijevoj, mir neka je na nj, strani, sad su nastupili protiv njega, i to kritizirajući Imama zbog prihvatanja presudživanja koje su mu sami svojim pritiscima nametnuli. Bitka sa kasitinima desila se 37. godine po Hidžri.
(Pri pripredživanju ovog poglavlja, pored literature navodžene u fusnotama, korištena je i knjiga poštovanog profesora Džafera Subhanija Pažuheshi piramun-e zendegi-ye Ali, a.s. (drugo izdanje, Qom, Džahan-e ara).)
Sukob sa marikinima
Marikini su upravo ona skupina koja je Alija, mir neka je na nj, koja je natjerala da prihvati arbitražu, a onda su se, nekoliko dana kasnije, predomislili, i tražili su od Imama da poništi postignuti sporazum. Medžutim, Ali, mir neka je na nj, nije bio neko ko bi pogazio svoju riječ i prekršio dogovoreni sporazum. Ovi su se onda odmetnuli, stali su protiv hazreti Alija, mir neka je na nj, te su se na Nehrevanu sukobili s njim. Hazreti Ali je pobijedio u ovoj bici, no zloba je ostala živa u srcima. Ova bitka desila se 38., ili po nekim historičarima 39. h.g.Ali, mir neka je na nj, nakon četiri godine i nekoliko mjeseci vladavine, u noći 19. ramazana 40. godine po Hidžri, ostvario je šehadet usljed udarca Abdurahmana ibn Muldžema, jednog od marikina.